Омский театр кукол основан в 1936 году. Его первые руководители: Е. Аша–Парфеньев и Н. Кузьменко. Артистов было всего шестеро. Организован театр в апреле, а уже в июле маленьким омичам был показан первый спектакль – чеховская «Каштанка». Куклы для него выписали из Москвы из театра Сергея Образцова. С 1937 года театр начинает гастрольные поездки. Большим успехом пользовались постановки сказок – «Колобок», «Репка», «Гусенок».
Когда началась война, многие артисты театра ушли на фронт. Но жизнь театра не остановилась. В труппу влились эвакуированные, многие из них имели немалый театральный опыт. Именно в это время в труппу театра пришли великолепные артисты, талантливые режиссеры Наталья Висловская и Анатолий Трапани. С 1943 года они возглавили Омский театр кукол. В это время театр начинает переходить от небольших пьесок с немудреным сюжетом к довольно сложным произведениям.
Закончилась война. Театроведы и просто знатоки театра начинают говорить о необычайной выразительности спектаклей омских кукольников, о высоком мастерстве артистов. Действительно, в то время труппа театра была очень сильной. Работали много и с удовольствием. Утром и днем играли для детей, а вечером показывали те же спектакли взрослым.
Как-то на репетицию кукольников заглянула актриса Драматического театра Анастасия Кулишева (Варжало). Ей показалась чудом бабочка, порхающая над ширмой. Эта бабочка в какой-то степени и решила судьбу актрисы. Анастаия Варжало – один из крупнейших режиссеров Омского театра кукол. На протяжении почти 20 лет она была главным режиссером театра. Но самое главное – Анастасия Трифоновна была прекрасным педагогом, которая воспитала целое поколение кукольников, ныне ведущих артистов театра.
В шестидесятые–семидесятые в театр пришла новая волна молодых режиссеров и артистов, получивших специальное кукольное образование. Вячеслав Борисов, Евгения Незлученко, Елена Варжало, Анатолий Свириденко. С их приходом в репертуаре театра появилась целая плеяда интересных, необычных спектаклей.
Очередной виток в развитии театра начинается с прихода молодого режиссера, будущего главного режиссера театра Бориса Саламчева. С этого периода начинается активный творческий рост театра. Омские кукольники получают множество приглашений на престижные форумы и фестивали. Благодаря постоянным режиссерским пробам и находкам Саламчева, Омский «Арлекин» приобретает репутацию театра – экспериментатора, как в России, так и за рубежом. Именно в этот период Саламчев вместе с творческим коллективом начинает активно развивать идею театра рассказчика, что стало основной творческой концепцией театра и определило его развитие на ближайшее десятилетие.
На сегодняшний день Омский театр "Арлекин" известен и популярен благодаря своим постоянным поискам и экспериментам. Спектакли Омского театра кукол получили высокую оценку на многих престижных фестивалях разного уровня и конкурсах. Выступления омичей были высоко отмечены на ХХ международном фестивале театров кукол, г. Плезень (Чехия), III международном фестивале театров кукол стран Балтии «Новые времена», г. Хаммиенлинна (Финляндия), международном фестивале «Рождество народов в Риме», г. Рим (Италия), X международном кукольном фестивале «Златна искра», г. Крагуевац (Сербия), XV международный фестиваль детских театров «Суботица - 2008», г. Суботица (Сербия), XXI международный театральный фестиваль «Чемодан», г. Ломжа (Польша), международных фестивалях в Алматы, Бресте, Минске, Киеве. Москве, Санкт - Петербурге, Рязани и многих других. А в копилку «Арлекина» за последнее десятилетие добавились такие награды: Гран-при международного театрального фестиваля «Белая Вежа - 1997», премия «Лучший актерский ансамбль» международного фестиваля в Ломже (Польша, 2008) и Омске (Россия, 2009), «Лучшая актерская работа» международного фестиваля театров кукол международный фестиваль театров кукол, г. Плезень (Чехия, 1994), «Рабочая лошадка», г. Набережные Чалны (Россия, 2010) и международного фестиваля, г. Ломжа (Польша, 2010), гран-при II международного фестиваля кукольных театров «Золотая магнолия», г. Шанхай (Китай). Национальная театральная премия «Золотая Маска», победа в номинациях «Лучший спектакль» I и II фестивалей театров кукол Сибирского региона.
В мае 1994 году Омский театр кукол принимал участников IV регионального фестиваля театров кукол Сибири и Дальнего Востока из 16 городов Сибирского региона, гостей с Урала, из Северного Казахстана, Белоруссии, Финляндии, Франции и США. В мае 2001 года театр провел фестиваль театров кукол Сибирского региона в рамках МАСС, приуроченный к 65-летию театра. В фестивале приняли участие 11 театров Сибирского региона и Татарстана.
В сентябре 2006 года театру исполнилось 70 лет. К этой дате был приурочен III региональный фестиваль театров кукол Сибири, который прошел с 22 по 30 сентября на базе Омского театра кукол. Омичи приняли 14 театров кукол региона и 1 театр ¬– гость фестиваля.
В 2009 года Омский государственный театр куклы, актера, маски «Арлекин» стал учредителем международного фестиваля театров кукол «В гостях у «Арлекина» - единственным международным фестивалем подобного уровня на территории Сибири. В сентябре этого же года был проведен I фестиваль, в котором приняли участие 15 театров из 11 стран Северной и Южной Америки, Европы и Азии. В 2011 состоялся II фестиваль, посвященный 75-летию «Арлекина». В программе приняли участие 20 театров из 14 стран мира, многочисленные зарубежные и российские гости. Фестиваль «В гостях у «Арлекин» вошел в программу по подготовке празднования 300-летия г. Омска.
Омский государственный театр куклы, актера, маски "Арлекин" - один из самых посещаемых театров города. Для многих маленьких омичей общение с театром началось именно с театра кукол. Коллектив театра прекрасно понимает, что от того, насколько плодотворной будет первая встреча, насколько театр заденет за живое юную душу, во многом зависят будущие отношения между человеком и театром. Именно поэтому в театре уделяется большое внимание работе с юным зрителем. На базе театра регулярно проводятся выставки детского творчества, фестивали, направленные на популяризацию искусства театра кукол, стимулирование интереса к новым явлениям культуры, искусства, а также качественное и масштабное изучение публики, ее вкусов, культурных потребностей и поведения.
К семидесятилетию театра Администрация области и непосредственно Председатель Правительства Омской области, Губернатор Полежаев Л. К. провели реконструкцию бывшего ДК под здание театра кукол. Торжественное открытие нового здания театра состоялось 30 декабря 2005 года. На сегодняшний день в Омске находится одно из лучших зданий театра кукол Российской Федерации.